怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似
来源:学生作业帮 编辑:搜狗做题网作业帮 分类:综合作业 时间:2024/07/14 21:38:43
怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似
最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另一种菌的一个基因序列,怎么利用bioedit软件在基因组序列中找出与这个基因序列相似性较高的Contig,不胜感激!
最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另一种菌的一个基因序列,怎么利用bioedit软件在基因组序列中找出与这个基因序列相似性较高的Contig,不胜感激!
![怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似](/uploads/image/z/15972852-12-2.jpg?t=%E6%80%8E%E4%B9%88%E7%94%A8bioedit%E5%9C%A8%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E5%BA%8F%E5%88%97%E4%B8%AD%E6%89%BE%E5%87%BA%E5%B7%B2%E7%9F%A5%E5%BA%8F%E5%88%97%E7%9A%84%E5%BA%8F%E5%88%97%E7%9B%B8%E4%BC%BC)
Bioedit提供了本地blast工具(菜单里的local blast 功能),如图一.
你需要把基因组数据做成本地数据库,使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库,建库的原始数据需要做成fasta格式的,建成的数据库存放在...\bioedit\database文件夹里.
然后用另一种菌的基因序列和基因组本地数据库做blastn或者tblastx(图二),就能找到与这个基因序列相似性较高的contig了.
![](http://img.wesiedu.com/upload/b/15/b158289df7dfb5972f9a497b5b8bcd5f.jpg)
我的bioedit版本较低,估计也能参考吧.
也可以直接从NCBI下载本地blast相关程序,使用dos命令行操作.
你需要把基因组数据做成本地数据库,使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库,建库的原始数据需要做成fasta格式的,建成的数据库存放在...\bioedit\database文件夹里.
然后用另一种菌的基因序列和基因组本地数据库做blastn或者tblastx(图二),就能找到与这个基因序列相似性较高的contig了.
![](http://img.wesiedu.com/upload/b/15/b158289df7dfb5972f9a497b5b8bcd5f.jpg)
我的bioedit版本较低,估计也能参考吧.
也可以直接从NCBI下载本地blast相关程序,使用dos命令行操作.
基因组DNA序列的分类
已知一个小鼠的基因完整序列和CDS序列,请问如何查找这个序列在水稻中的同源基因序列
怎么用NCBI查询FeSOD的蛋白质序列、氨基酸序列和核苷酸序列呢?
为何在T4噬菌体中,各病毒粒子的基因组DNA序列不同?
如何在NCBI中搜索乙肝病毒八种亚型的全基因组序列
请问烟草的全基因组序列是不是都知道了,应该怎么查具体一个基因的序列呢?
已知二叉树的后序遍历序列和中序遍历序列,怎样求其前序遍历序列!
已知二叉树后序遍历序列是dabec,中序遍历序列是debac,它的前序遍因序列是多少
已知二叉树后序遍历序列是dabec,中序遍历序列是debac,它的前序遍历序列是什么?
请问,已知蛋白序列的GI号,怎样在NCBI中查找对应蛋白的序列啊?
已知一颗二叉树的先序序列与中序序列,请画出此二叉树:先序序列:ABCDEFGHIJ;中序序列:CBEDAGHFJI
已知一棵二叉树的中序序列和后序序列,请画出该二叉树 中序序列 DIGJLKBAECHF 后序序列 ILKJGDBEHFC